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Lyrics Latin English Pulchra es amica mea Suavis et decora filia Jerusalem Pulchra es amica mea Suavis et decora sicut Jerusalem Terribilis ut castrorum acies ordinata Averte oculos tuos a me Quia ipsi me avolare fecerunt Thou art beautiful, O my love sweet and beautiful daughter of Jerusalem Thou art beautiful, O my love sweet and comely as Jerusalem Terrible as an army set in array Turn away thy eyes from me for they have made me flee away Analysis The song “Northern Lights” by Ola Gjeilo is a choral piece that captures the beauty and majesty of the Northern Lights. The text speaks of beauty, love, and the awe-inspiring nature of the Northern Lights, drawing parallels between the natural phenomenon and the beauty of a beloved. The source of the lyrics is as follows: ...

Ubuntu 20.04 사용중에 아마도 비교적 로우레벨로 시스템을 만진 CUDA version control 문제로 인해 추가적 패키지 설치 중에 시스템이 꼬여 GNOME이 제대로 런칭되지 않는 문제 발생. (이건 별도로 정리할 예정이나, 다른 것 없이 필요한 버전에 맞추어 CUDA toolkit runfile installer로 설치해준뒤 run command PATH 세팅 혹은 conda environ. variable로 설정해주는것이 최선인듯) 1년후 20.04 EOL이 다가오는 것에 대한 대응 겸 PopOS 22.04를 설치함, 그런데 윈도우쪽 SSD(SSD-1, 리눅스용은 SSD-2)에 있던 GRUB 부트로더가 맛이 가서 윈도우로 부팅이 불가해짐. 윈도우를 사용하지 않고 싶으나.. 공동인증서, 연구비 결제, Origin 등 어쩔 수 없는 부분이 있고 포맷 후 재설정하는 시간보다는 부트로더 복구가 더 빠를 것으로 판단. PopOS 재설치하며 GRUB이 깔려 있던 SSD-1의 부트 파티션을 지정하려고 했으나, 최근 EFI 부트 파티션의 권장용량이 1GB로 올랐다고 하며 이로 인해 400 MB 정도이던 기존 파티션에 설치가 불가. 이에 윈도우 시스템 파티션 뒤쪽을 2GB 줄여서 새로운 부트 파티션 지정, 기존 부트 파티션은 삭제. PopOS는 ArchLinux 등과 같이 좀 더 모던한 systemd-boot를 사용하여, 해당 새로운 부트 파티션에 윈도우 부트로더 정보를 복원시키기 위해 윈도우 설치 미디어를 사용하여 diskpart로 드라이브 인식하려 하였으나 윈도우 설치 파일이 담긴 USB 드라이브 외 인식이 되지 않음. 바이오스 초기화후에도 인식이 되지 않아 바이오스 펌워어 업데이트부터 하였는데, 30분 동안 완료가 되지 않아 벽돌이 된 줄 알고 식겁하였으나 다행히도 강제 리부팅후 업데이트 완료 및 정상 부팅. 그러나 드라이브 인식이 되지 않는 것은 여전하였고, 추가 검색 결과 모종의 이유로 Intel Rapid Storage Technology 드라이버가 필요하다는 사실을 알아냄. 메인보드 제조사에서 RST 드라이버 확보하여 윈도우 설치 화면에서 수동으로 드라이버 인식시켜 SSD-1, SSD-2 인식 성공. 이후 https://meroupatate.github.io/posts/bootloader/ 의 정보에 따라 diskpart에서 윈도우 시스템 파티션의 volume letter를 알아낸 뒤, bcdboot $volume$:\Windows 실행하여 systemd-boot에 윈도우 시스템에 대한 엔트리 생성. 이후 윈도우 부트로더 복구되었고 정상 부팅 가능하였으나, 선택 화면이 나오지 않음. 이는 PopOS 쪽에서 /boot/efi/loader/loader.conf에 timeout 10 변수 추가하여 해결.

22.04 LTS (NVIDIA), balenaEtcher@macOS OS Installation Partitioning Boot (/boot/efi, fat32): ~2 GB, resides in the Windows SSD Swap (linux-swap): Should be bigger than the physical memory (72 GB, set to 200 GB for DBRX testing) Custom recovery partition (/recovery, ext4): Recovery partition, automatically set up Root (/, ext4): The rest of disk space (no separate /home, as /vault is used) Vault (/vault, btrfs): For safekeeping of data in between upgrades Base OS customization Korean input KR Locale installation Set to Hangul, With Alt_R customization sudo vim /usr/share/X11/xkb/symbols/altwin <RALT> -> [ Alt_R, Meta_R ] to [ Hangul ] Fingerprint sensor activation is possible, but omitted due to dismal recognition rate Terminal customization zsh powerlevel10k Meslo NF LGS oh my zsh autojump zsh-autosuggestions fast-syntax-highlighting logo-ls miniforge-pypy3 APT softwares vim Non-apt softwares (.deb or else) Obsidian.md (.deb) tldr (pip3) Visual Studio Code (.deb) Docker (.deb) Bioinformatics QIIME2

Source: https://support.system76.com/articles/pop-basics/ BTRFS setup (https://mutschler.dev/linux/pop-os-btrfs-22-04/) No encryption (hardware or none) (https://github.com/spxak1/weywot/blob/main/Pop_Btrfs_Subvolumes_with_Timeshift.md) For 20.10, but should be working fine for 22.40 2.3.1 mount error: Change space_cache to space_cache=v2 (https://github.com/btrfs/btrfs-todo/issues/29) And use Izo for NVME SSDs (https://gist.github.com/braindevices/fde49c6a8f6b9aaf563fb977562aafec#conclusion) @home 마운트시 에러 발생, 기존 윈도우의 존재로 인한 것이 아닌가 추측. 일단 snapshot의 원활한 적용이 주 목적이었으므로 btrfs만 적용하여 설치하여 사용함.

Source: https://www.science.org/doi/10.1126/sciadv.abq6376 Horizontal gene transfer 연구. 고균에서도 integron이 발견되었다고 한다. 연구적으로도 흥미로울 듯. Discussion은 추후에 추가.

Nanopore 시퀀싱을 하여 EPI2ME로 분석을 돌리려면 FASTQ 파일을 업로드해야 한다. 원래 그런 것인지 버그인지는 모르겠지만 EPI2ME agent는 .gz 상태로는 읽지를 못하므로 업로드 전 .fastq로 압축 해제를 해주어야 한다. 기본 gunzip으로 사용해도 되지만, 멀티코어 활용이 안되어 속도가 매우 느리다. 이는 pigz (https://zlib.net/pigz/) 사용으로 간단히 해결할 수 있다. 먼저 pigz를 설치 후 (언제나처럼, apt-get or Homebrew) 터미널에서 실행한다. 아래는 macOS 홈 폴더에 fastq_pass 폴더를 넣어놓았을 때의 예시이다. 복잡한 커맨드 넣을 필요 없이 wildcard를 사용하면 간단히 처리된다. ...

블로그에 있던 기존 PNG 파일들을 변환하고자 ImageMagick 내 포함된 mogrify 커맨드로 일괄 변환 수행했다. 변환할 파일들이 있는 경로에 가서 다음 커맨드를 사용한다. magick mogrify -format webp *.png 다만 앞으로는 개별 파일들을 매번 변환해서 올려야 할텐데, 터미널을 매번 열기는 귀찮다는 생각에 Quick Action으로 만들어 보기로 했다. 이번 포스트에서는 ImageMagick을 활용하여 macOS에서 어떤 이미지라도 WebP로 변환하여 동일 폴더에 넣어주는 Quick Action을 만들어 본다. ImageMagick이 설치되어 있지 않다면 Homebrew를 통해 설치한다. brew install imagemagick Automator를 통해 다음의 “Run Shell Script” 커맨드를 입력한다. for f in "$@" do fname="${f%.*}.webp" /usr/local/bin/convert "$f" "$fname" done 다음 경로에 Convert image to WebP format.workflow 로 저장한다. ~/Library/Services/Convert image to WebP format.workflow 변환을 원하는 파일 우클릭 - Quick Actions 에서 작동시킨다. 잘 작동하여 WebP 변환 파일이 생성되는 것을 볼 수 있다. 비교해 보진 않았지만 위 Quick Action으로도 다수의 파일을 선택하여 돌리면 잘 돌아가므로 추후에는 mogrify를 사용할 일은 그리 많지 않을 것 같다. ...

Source (EN): 100 Simple Truths (https://tr.af/100) 사지 않으면 100% 할인이다. 소유욕이 없는 것은 소유욕의 충족만큼 좋다. 다른 사람의 성공은 나의 실패가 아니다. 질문은 마음의 문을 열고, 선언은 마음의 문을 닫는다. 통제할 수 없는 일에 시간을 쓰는 것은 통제할 수 있는 것에 쓸 시간을 빼앗는다. 창의성은 흥미와 결단을 결합한 것일 뿐이다. 행복과 마찬가지로 성공은 추구될 수 없으며, 인과적으로 일어나야 한다. 가치라는 것은 칭찬과 모욕을 동시에 담고 있다. 정보를 소비하는 것이 아니라, 활용하는 것이 사람을 똑똑하게 만든다. 현재 가진 것에 만족하면서 원하는 것을 위해 정진하라. (그 이유가 무엇이든) 우리가 가진 최고의 기회를 포기하기에 삶은 너무 짧다. 영감은 생산성을 수 배로 높여주지만, 소멸되기 쉽다; 빠르게 행동하라. 미니멀리즘은 내가 아무것도 소유하지 않는 것이 아니라, 아무것도 나를 소유하지 않는 것이다. 너무 오래 걸릴 것 같아 의욕이 떨어지는가? ‘이 또한 지나가리라 (Et hoc transibit)‘는 것을 기억하라. 사람들은 내가 무엇을 할 수 있는지보다는 내가 그들을 위해 무엇을 할 수 있는지에 관심이 있다. 먹는 양은 몸의 크기에 영향을 미치고, 움직이는 양은 몸의 모양에 영향을 미친다. 시간이 없다는 말은 중요하지 않다는 말의 다른 표현이다. 일의 강도보다는 지속성을 추구하라. 지속된 일의 결과는 복리로 쌓인다. 대부분의 전통은 이제 잊혀져 버린 문제들에 대한 해법이다. 나는 하루만에 태어났고, 하루만에 죽을 것이며, 하루만에 바뀔 것이다. 어제는 지나갔고, 내일은 확실하지 않으며, 오늘만이 존재한다. 중요하지 않을 때는 아무 것에도 집중하지 않음으로써 중요할 때 더 잘 집중할 수 있다. 더 많은 선택은 대개 더 적은 행동으로 이어진다. 적게 선택해서 많이 행동하라. 나를 화나게 하는 것은 그것 자체가 아닌 그것에 대한 나의 해석이다. 집중이라는 것은 대부분의 다른 것들에 대해 ‘아니오’로 대답하는 것이다. 사람은 둘 중 하나만을 할 수 있다: 자신의 꿈을 만들거나, 다른 사람의 꿈을 만드는 것을 돕는 것. 시간을 거래해 돈을 벌지 말고, 가치를 거래해 돈을 벌어라. 배우는 법을 배우는 것은 최고의 시간 투자이다. 내가 처한 상황은 나의 감정 상태와 아무 관련이 없다. 자기 수양은 당장 원하는 것과 가장 원하는 것 사이에서 선택을 할 수 있게 한다. 돈의 진정한 가치는 (부득이 해 오던) 어떤 업무를 더 이상 하지 않아도 되는 여유를 주는 것에 있다. 기대를 낮추면 실망이 적어진다. 창의력은 무한한 자원이다. 많이 쓸수록, 더 많이 생긴다. 매 ‘아니오’라는 대답은 추후에 ‘예’라고 대답할 수 있는 선택권을 넓혀 준다. 현재 있는 위치와 가고자 하는 위치 사이의 틈은 생각보다 가깝다. 아이디어는 행동하려는 의지 없이는 아무 가치가 없다. 다른 이들에게 관심을 가짐으로써 다른 이들의 관심을 끌어라. 내가 만나는 모든 사람은 내가 모르는 무언가를 알고 있다. 말하고 싶을 때가 아니라, 말해야 할 것이 있을 때 말하라. 평범한 길은 가장 가기 쉽기에, 가장 경쟁이 심한 길이다. 바쁜 것은 영광의 증표가 아니라, 자유의 부재일 뿐이다. 나의 생각과 감정은 나의 선택이며, 통제하지 않으면 통제당한다. 동기가 없는 것이 아니라, 할 이유가 없는 것이다. 시간은 가장 가치있는 자원이다. 현명하게 사용하라. 틀렸을 때는 인정하고, 맞았을 때는 겸손하라. 두뇌는 정보로 채워지는 것이 아니라, 정보를 통해 확장된다. 5분 이내로 할 수 있는 일이면, 미루지 말고 바로 하라. 나의 삶에서의 가장 큰 경쟁자는 나 자신이다. 삶은 내가 가질 수 있다고 결정한 것만을 내게 준다. 인터넷은 무한한 배움의 기회를 제공한다. 배경 소음은 무시하라. 내가 무엇을 하든 어떤 사람들은 나를 비판할 것이다. 어리석음을 피하는 것이 탁월함을 추구하는 것보다 종종 더 나은 선택이 되기도 한다. 소비할 시간이 있다면, 창조할 시간도 있다. 적절하거나 적절하지 않은 때는 없다. 시간과 그 시간으로 무엇을 할지에 대한 선택만이 있을 뿐이다. 아이디어는 얼마든지 훔칠 수 있지만, 행동은 안에서로부터만 우러나온다. 새로운 정보를 바탕으로 의사를 바꾸는 것에 익숙해져라. 음식은 두뇌의 연료가 되고, 정보는 정신의 연료가 된다. 나는 내가 소비하는 것으로 이루어진다. 새로운 아이디어를 찾기 위해 읽고, 이를 이해하기 위해 쓰며, 이로부터 배우기 위해 실행하라. 나의 현재 버릇은 나의 미래에 대한 맛보기이다. 저질렀던 실수는 최고의 선생이다. 헛일을 열심히 한다고 해서 무언가 이루어지지는 않는다. 혼자인 것은 물리적인 것이고, 외로운 것은 정신적인 것이다. 침묵은 생각을 위한 빈 캔버스이다. 일처럼 느껴지지 않는다면, 누구라도 이길 수 있다. 높은 곳에 선망을 느끼고, 낮은 곳에 동정을 느껴라. (원문에 동의하지 않아 임의로 변경) 사람은 말이나 생각이 아니라 행동으로 이루어진다. 백만불짜리 아이디어는 없다. 백만불짜리 실행만이 있다. 어떤 것을 믿는다는 것은 그 생각에 눌러앉는 것이다. ‘예’는 다른 사람을 이롭게 하고, ‘아니오’는 나를 이롭게 한다. 정신의 질은 삶의 질을 결정한다. 위대함은 지속적인 좋음의 합일 뿐이다. 시간을 벌어다주는 일에 시간을 쓰는 것은 언제나 좋은 결정이다. 점들은 돌이켜 볼 때에만 연결된다. 소비는 인터넷을 위해 내가 일하는 것이고, 창조는 나를 위해 인터넷이 일하게 하는 것이다. 들인 시간이 결과에 비례하지는 않는다. 행운은 행동하는 사람을 선호한다. 창조자와 소비자를 구분하는 것은 창조의 능력이 아니라, 출판하고자 하는 의지이다. 배움에 질리지 않으면, 삶에도 질리지 않는다. 움직이면 움직일수록, 움직이고 있는 것이 쉬워진다. 유일하게 필요한 생산성 핵은 하는 일을 즐기는 것이다. 내가 무엇을 하는 방법은, 내가 모든 것을 하는 방법과 같다. 믿음은 진실보다는 소속감에 더 큰 연관이 있다. 지속적인 개선이 지연되는 완벽보다 낫다. 좋아하는 일들을 많이 해봄으로써 정말 즐길 수 있는 몇 가지 일을 찾아낼 수 있다. 첫인상의 대상은 외모가 아니라 에너지이다. 무언가에 서투른 것이 아니라 단지 입문중인 것이다. 죽음은 우리가 삶에 대해 치르는 (궁극의) 비용이다. 있는 그대로 받아들여라. 빠르게 비용을 치를수록, 장기적으로 드는 비용이 줄어든다. 대개 동기부여는 시작하기 전이 아니라 시작한 이후에 일어난다. 고결함은 어떤 상황에서라도 한 명의 같은 인격으로 남아 있는 것이다. 실패의 속도를 높임으로써 성공의 비율을 높여라. 삶에서의 모든 비용은 돈, 시간 혹은 주의력 중 하나로 치르는 것이다. 자기 수양은 하기 싫은 일을 즐기는 일처럼 할 수 있게 한다. 해야 할 것의 수가 적을수록, 할 수 있는 양이 많아진다. 유용한 것은 받아들이고 그렇지 않은 것은 버리면서, 자신만의 고유한 것을 더하라. 대부분의 나쁜 일은 어떤 것이 너무 많거나 적음으로써 발생한다. 이것을 읽고 있는 사람은, 시작하기 위해 필요한 모든 것을 가지고 있다. 평화는 욕망의 부재이다. 나에게 빚을 진 사람은 아무도 없다. 99번을 다시 한번 읽어라.

연구실 공유 폴더를 WebDAV 프로토콜을 활용하여 운영 중인데, 특정 용량 이상 파일의 경우 윈도우 컴퓨터에서는 접근이 되지 않는 문제가 있었다. 파일을 그냥 열면 프로그램 내에서 오류가 뜨고, 파일만 복사를 하려고 해도 0x800700DF 오류가 뜨며 접근이 불가능하다. 대체로 다루는 작은 파일들에서는 문제가 없었고 맥에서는 발생하지 않았기 때문에 매번 참고 넘어갔으나, 최근 공유폴더 내 고용량 파일을 윈도우 사용자들과 함께 다루게 되니 불편이 생겨 잠깐 찾아보았으며… 버그가 아니라 기능이었다. [Folder copy error message when downloading a file that is larger than 50000000 bytes from a Web folder](https://support.microsoft.com/en-us/help/900900/folder-copy-error-message-when-downloading-a-file-that-is-larger-than) 윈도우 XP부터 해당되며 윈도우 10은 목록에도 없는 유서 깊은 지원문서이지만 윈도우 10에서도 동일한 것으로 보인다. 윈도우 XP SP2에서 적용된 기능으로 WebDAV 서버 내 50 MB 이상의 파일에 접근하려고 하면 클라이언트 컴퓨터에서 이를 denial-of-service 공격으로 판단하여 제한한다고 한다. 해결법은 다음과 같다. Regedit 실행 다음 경로로 이동: HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\CurrentControlSet\Services\WebClient\Parameters FileSizeLimitInBytes 아이템의 값을 넉넉하게 변경 (기본 50MB, 해당 값이 없을 경우 동명의 DWORD 값으로 작성) 재시동 넉넉하게 1GB 정도로 설정해주니 문제 없이 잘 동작한다. 컴퓨터마다 설정해줘야 하는 번거로움은 있지만. WebDAV 자체가 그리 안정적이지 않은 편이므로 1GB 이상의 파일은 다른 방식으로 다루는 것이 좋을 것 같다. ...

2015년부터 macOS(당시엔 OS X)를 주력으로 사용해 왔는데, 당시에는 가상머신이 있어도 윈도우 컴퓨터가 별도로 없으면 사무를 보기가 거의 불가능할 정도였다. 2020년인 지금은 가상머신 없이도 윈도우를 켤 일이 거의 없다시피 할 정도로 많이 발전했지만 여전히 문제가 되는 것 하나는 윈도우나 리눅스로 보낸 파일명의 자소분리 현상이다. Fig. 자소분리 현상 (Source: https://skjo929.blog.me/222036684719)" 맥에서 파일명이 한글인 파일을 윈도우나 리눅스로 보내게 되면 윈도우와 리눅스는 유니코드 정규화 NFC 방식을 쓰고 맥은 NFD 방식을 사용하여 생기는 문제인데, 둘 다 인정되는 표준이므로 어느 한쪽의 잘못이라고 하긴 어렵지만 실질적으로 맥에서 보낸 한글명 파일들만 자소분리가 되므로 자연스레 맥의 문제라고 간주하게 되기 마련이다. ...