Nanopore 시퀀싱을 하여 EPI2ME로 분석을 돌리려면 FASTQ 파일을 업로드해야 한다. 원래 그런 것인지 버그인지는 모르겠지만 EPI2ME agent는 .gz 상태로는 읽지를 못하므로 업로드 전 .fastq로 압축 해제를 해주어야 한다.
기본 gunzip으로 사용해도 되지만, 멀티코어 활용이 안되어 속도가 매우 느리다. 이는 pigz (https://zlib.net/pigz/) 사용으로 간단히 해결할 수 있다.
먼저 pigz를 설치 후 (언제나처럼, apt-get or Homebrew) 터미널에서 실행한다. 아래는 macOS 홈 폴더에 fastq_pass 폴더를 넣어놓았을 때의 예시이다. 복잡한 커맨드 넣을 필요 없이 wildcard를 사용하면 간단히 처리된다.
pigz -d ~/fastq_pass/*/*.gz
90 MB의 gzip 파일에 대해 5초만에 해제가 완료되었다.
2022 Update: 업데이트 되어 이제 잘 인식한다. ONT는 여러가지로 발전이 빠르다.